1. Там, в глубине одного из небольших дворов, мы облюбовали крошечный, в три комнаты, флигелек.
Облюбовали (где? ) там - уточняемое обстоятельство, (где именно? в глубине одного из небольших дворов - уточняющее, подчеркиваем штрих-пунктирной линией.
Флигелек (какой?) крошечный - уточняемое определение, в три комнаты - уточняющее, подчеркиваем волнистой линией.
2.Тут , в глубочайшей полевой тишине, летом среди хлебов, подступавших к самым нашим порогам, а зимой среди сугробов, прошло мое детство.
Прошло (где?) тут - уточняемое обстоятельство, (где именно?) в глубочайшей полевой тишине - уточняющее, подчеркиваем штрих-пунктирной линией.
3.Огромная, в два метра , волна смыла в то утро почти весь поселок на побережье.
Волна (какая?) огромная - уточняемое определение, в два метра - уточняющее, подчеркиваем волнистой линией.
Чаще всего обособляются уточняющие обстоятельства
- места (где? где именно?)
Внизу, в тени, шумел Дунай.
-времени(когда? когда именно?)
Летом, вечерними зорями, любил я бродить вдоль реки.
- образа действия (как? как именно?)
Он самоуверенно, почти с вызовом, посмотрел на нас.